Die Geheimorganisation SEELE greift NERV an! Die Invasion der Geofront hat begonnen, und SEELEs einziges Ziel ist die totale Vernichtung, insbesondere der drei EVA-Piloten. Shinji, dem die Kraft zum Kämpfen fehlt, läßt Asuka allein gegen die neun EVAs von Seele antreten. Und während Gendo...
Tenjou Utena, ein Mädchen voller Ideale und mit hohen Zielen, kommt neu an die Ohtori Akademie, wo sie dank ihrer Kleidung zuerst für einen Jungen gehalten wird. Unverhofft trifft sie dort ihre alte Liebe Kiryuu Toga, der sagt, durch ein Rosensiegel ebenfalls dorthin geführt worden zu sein....